Η ονομασία «Περιβόλι της Παναγίας» για το Άγιο Όρος πηγάζει από μια παραδοσιακή ιστορία. Σύμφωνα με την παράδοση, η Παναγία μαζί με τον Απόστολο Ιωάννη, καθώς πλησίαζαν τον Άθω δια θαλάσσης, βρέθηκαν αντιμέτωποι με έντονη θαλασσοταραχή και τελικά αποβιβάστηκαν στην περιοχή όπου σήμερα βρίσκεται η Μονή των Ιβήρων. Εκεί, η Θεοτόκος, γοητευμένη από το φυσικό κάλλος, ζήτησε από τον Θεό να της παραχωρήσει ολόκληρο το Όρος ως δώρο. Μια θεϊκή φωνή απάντησε: «Έστω ο τόπος ούτος κλήρος σός και περιβόλαιον σόν και παράδεισος, έτι δε και λιμήν σωτήριος τών θελόντων σωθήναι».
Από τους πρώτους βυζαντινούς χρόνους, ο Άθως αποτέλεσε πόλο έλξης για όσους αναζητούσαν τον μοναχικό βίο και τους ασκητικούς αγώνες. Η ονομασία «Άγιον Όρος» καθιερώθηκε γρήγορα και επίσημα με χρυσόβουλο του αυτοκράτορα Κωνσταντίνου Θ’ Μονομάχου στα μέσα του 11ου αιώνα.
Η φροντίδα των αυτοκρατόρων για το Άγιον Όρος δεν περιορίστηκε στην ίδρυση μονών, αλλά επεκτάθηκε και στην προστασία της περιοχής. Ο Βασίλειος Α’ με χρυσόβουλο του 885 όρισε ότι μόνο ασκητές επιτρέπεται να κατοικούν εκεί, αποκλείοντας ποιμένες και κοσμικούς που παρανόμως εισέρχονταν στο «Περιβόλι της Παναγίας». Αργότερα, ο Αλέξιος Α’ Κομνηνός απαγόρευσε με νέο χρυσόβουλο την είσοδο κάθε θηλυκού, ώστε να εξασφαλίσει την απαραίτητη ησυχία για την πνευματική ζωή των μοναχών.
Σήμερα, στο Άγιον Όρος λειτουργούν είκοσι μονές, όλες με κοινοβιακό σύστημα. Η νομοθετική εξουσία κάθε μονής ανήκει στη Γεροντία, ενώ την εκτελεστική εξουσία έχει ο ηγούμενος, που εκλέγεται ισόβια από μοναχούς με τουλάχιστον έξι χρόνια μοναχικής ζωής. Τον ηγούμενο υποστηρίζει το Ηγουμενοσυμβούλιο, αποτελούμενο από δύο ή τρία μέλη που εκλέγονται για ένα έτος.
Σε επίπεδο Αγίου Όρους, η νομοθετική εξουσία ανήκει στην Ιερά Σύναξη, που συγκροτείται από είκοσι μέλη — έναν ηγούμενο ή προϊστάμενο από κάθε μονή. Η Σύναξη συνεδριάζει δύο φορές τον χρόνο για να θεσπίζει κανονισμούς, ενώ σε έκτακτες περιπτώσεις συγκαλείται διπλή σύναξη από σαράντα μέλη.
Τη διοίκηση αναλαμβάνει η Ιερά Κοινότης, η οποία απαρτίζεται από είκοσι αντιπροσώπους, έναν από κάθε μονή, οι οποίοι διαμένουν στην πρωτεύουσα του Αγίου Όρους, τις Καρυές, για ένα χρόνο. Η εκτελεστική εξουσία ασκείται από την Ιερά Επιστασία, που αποτελείται από τέσσερα μέλη, χωρισμένα σε πέντε ομάδες μοναστηριών. Ο αντιπρόσωπος της πρώτης τη τάξει μονής προεδρεύει ως «Πρωτοεπιστάτης» με θητεία ενός έτους.